要注意以下幾點：
1、 用移液槍將樣品加至點樣孔。每孔點樣的體積一般少于25ul，一般情況下，0.5cm寬的梳子可加0.5μg的DNA量，加樣量的多少依據加樣孔的大小及DNA中片段的數量和大小而定。當加樣孔大時，樣品上樣量應相應加大，否則會造成條帶淺甚至辯認不清；反之則應適當減少加樣量，但是上樣量過多會造成加樣孔超載，從而導致拖尾和彌散，對于較大的DNA此現象更明顯。

2、吸取每一個樣品時，操作要穩當且細心。緩慢使樣品均勻沉降于樣品孔底部。注意不要使槍頭或針頭刺破膠孔底部。
3、 常加一定量的蔗糖來增加樣品的濃度，以使每個樣品停留在各自的點樣孔中,以免樣品飄出。
4、 在樣品中加入水溶性的陰離子追蹤染料（如溴酚藍），用以看出樣品移動的距離。
5、 在一個或幾個孔中加入標準分子質量樣品，電泳結束后，根據已知分子質量的帶的相應位置可用來做出標準曲線。